U.C.123年に地球連邦とジオンの戦争が終わった。でも、世界は平和ではなかった。クロスボーン・バンガードがコロニーを攻めた。クロスボーン・バンガードのリーダーはアイロン・マスクと言う人だった。その人は本当にカロッゾ・ロナだった民間人シーブック・アーノとガンダムF91がクロスボーン・バンガードを戦った。シーブックは強いニュータイプだから、クロスボーン・バンガードが倒された。
シーブック・アーノの彼女はベラ・ロナだった、アイロン・マスクの娘だった。アイロン・マスクを倒した後で、シーブックとべラがクロスボーン・バンガードを引き継がた。U.C.133年に新しいクロスボーン・バンガードは
宇宙海賊だった。でも、悪でははなかった。シーブックとべラのミッションは木星帝国を倒すつもりだった。そのために、S.N.R.I.がクロスボーン・バンガードにクロスボーン・ガンダムX-1とX-2とX-3を作って上げた。
XM-X3クロスボーン・ガンダムX-3はとても強かった。X-3は武がたくさんあった。敵が
遠くにある時に バスター・ガンを使った。敵が近くにある時にビーム・サーベルとヒート・ダガーとビーム・ザンバーをよく使った。その武器より、ムラマサ・ブラスターの方が強かった。そのブラスターは大きい剣としてビーム・キャノンとして使われた。X-3の腕にIフイールド・ジェネレータがあった。Iフイールドが敵のビーム武器をそらされた。X-3のパイロットは十五歳のニュータイプ、トビア・アロナクスだった。